Le Japon est infesté de kaiju, et le travail de Kafka Hibino consiste à se débarrasser de leurs carcasses. Pendant ce temps, son amie d'enfance, Mina Ashiro, grimpe les échelons dans les Forces de Défense anti-kaiju. Kafka avait abandonné l'idée de les intégrer, mais décide finalement de retenter sa chance pour se rapprocher de Mina. Un seul bémol : il devient subitement le puissant Kaiju No. 8 ! Avec la complicité de Reno Ichikawa, son jeune collègue, Kafka dissimule sa transformation et passe le concours d'entrée des Forces, dans le but de réaliser son rêve de petit garçon et de se tenir aux côtés de Mina. Lorsqu'un mystérieux kaiju doté de raison attaque la base où a lieu l'épreuve, il va devoir faire un choix cornélien dans une situation critique...